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在平靜、與世無爭的大海中，因討厭人類恣意破壞生態而放棄身為人類的藤本教授，與一群可愛的金魚女兒們一起生活。

　　某天，金魚公主乘著水母偷溜到外面的世界，卻被卡在果醬瓶中，幸好遇到名為宗介的小男孩救了她。那男孩給予了她「波妞」之名並決定要保護她不受傷害。喜歡宗介的波妞想變成人類，但…她能如願嗎？