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為推動國內水利工程落實節能減碳的願景，水利署首創提出「工程碳預算管理」方法，採工程生命週期於規劃、設計、施工、營運等各階段擬定策略，以系統性方式執行減碳工作與管理，並自工程預算編列開始即導入減碳思維，藉由設定每年容許碳排上限量，來逐步達成減碳目標。

九十年十月廿六日配合「台灣省政府功能業務與組織調整」，進行修編，並為促使水利機關事權統一及提昇效率，經濟部爰規劃將現行分立之水資源局、水利處、臺北水源特定區管理委員會等水利機關予以整併，於九十一年三月二十八日成立水利署。