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2097年8月,一道衝擊撼動了全世界,
一名魔法師展現了足以對抗大國的實力,這名魔法師叫做司波達也,
是以「不可接觸的禁忌」受人畏懼的四葉家一員,當時他還只是十八歲的高中生。
以這個事件為契機,他成為全世界聞之色變的存在,
被希望維持世界現行體制的人們暗中伺機狙殺。
2099年春天,黑羽亞夜子與文彌這對雙胞胎就讀魔法大學。
嶄新的大學生活,加上為了求學而搬到東京,
兩人身為四葉家諜報部門的黑羽家成員,期待能為敬愛的達也提供助力。
然而,狙殺達也的海外黑幫身影,悄然接近這樣的亞夜子與文彌──

佐島勤 　　以本作品出道的作家。 　　主要作品有《魔法科高中的劣等生》、 　　《魔法科高中的劣等生 Appendix》、 　　《續.魔法科高中的劣等生魔法人聯社》、 　　《魔法科高中的劣等生司波達也暗殺計畫》、 　　《魔法科高中的劣等生 闇影閃耀於夜幕》、 　　《機動防衛者Dowl Masters》、《魔人執行官》。 繪者簡介 石田可奈 　　首度擔任插畫繪製的動畫師。 　　曾經參與的作品有《CODE GEASS 反叛的魯路修》、《機動戰士鋼彈UC》(作畫監督)、 　　《我的妹妹哪有這麼可愛!》(總作畫監督)等。 　　在《魔法科》的動畫版中,則是以角色設定、總作畫監督等身分參與製作。