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舊金山一個晚上就籠罩在暴動當中。
這是FAIR的洛基.狄恩在古代遺跡取得的大規模魔法引發的事件。
重視這個事態的STARS總司令官卡諾普斯，為了打破這個狀況而向達也求助。
同一時間，FEHR的蕾娜.費爾也委託達也協助。
雖然魔法師的出國受到管制，不過達也這次也獲得了四葉家影之贊助者東道的同意。
國防軍也不知為何表態協助，出國的準備就此完成。達也再度前往USNA，挑戰舊金山的危機!

佐島勤 　　以本作品出道的作家。 　　主要作品有《魔法科高中的劣等生》、 　　《魔法科高中的劣等生司波達也暗殺計畫》、 　　《魔法科高中的劣等生 Appendix》、《機動防衛者Dowl Masters》、 　　《魔人執行官》。 繪者簡介 石田可奈 　　首度擔任插畫繪製的動畫師。 　　曾經參與的作品有《CODE GEASS 反叛的魯路修》、 　　《機動戰士鋼彈UC》(作畫監督)、 　　《我的妹妹哪有這麼可愛!》(總作畫監督)等。 　　在《魔法科》的動畫版中,則是以角色設定、總作畫監督等身分參與製作。